色谱—质谱联用技术，必须解决的主要问题有两大方面：①是如何实现接口，降低压力使色谱柱的出口与质谱的进样系统连接，达到两部分速度的匹配；②是必须除去色谱中大量的流动相分子。
★ 气相色谱—质谱联用技术（GC—MS联用）——这项技术是20世纪50年代后期才开始研究的，到60年代已经成熟并出现了商品化仪器。目前，它已成为最常用的一种联用技术。GC是在常压下工作，而MS是在高真空下工作，因此，必须有一个连接装置，将色谱柱流出的载气除去，使压强降低，样品分子进入离子室。这个连接装置叫做分子分离器。目前一般使用喷射式分子分离器。
如果是毛细管色谱，由于毛细管柱的流量极小，可以不必经过分子分离器而直接进入离子源。
GC—MS联用应用十分广泛，从环境污染分析、食品香料分析鉴定到医疗检验分析、药物代谢研究等。而且GC—MS联用是国际奥委会进行兴奋剂药检的有力工具之一。
★ 液相色谱—质谱联用（LC—MS联用）——对于热稳定性差、不易汽化的样品，GS—MS联用有一定的困难。因此，近年来又发展了液相色谱—质谱联用技术。LC分离要使用大量的液态流动相，如何有效地除去流动相而不损失样品，是LC—MS联用的难题之一。目前应用较多的有两种接口装置。
●传送带式的接口装置——依靠不锈钢或高聚物的传送带将LC柱的流出样送入离子源，在传送过程中，溶剂被加热（可用红外线加热）汽化并由真空泵抽去，组分进入离子源。这种方法适于非极性流动相溶剂的除去，而对于极性溶剂，由于其汽化速度慢而不适用。
● 热喷雾式的接口装置——热喷雾接口是20世纪80年代发展起来新的接口装置，它是由汽化器、电离室和抽气系统三部分组成。汽化器是一根内径约为0.15mm的金属毛细管，采用直接电加热的方式；电离室内有发射电子的灯丝和放电电离装置，其电离方式有直接热喷雾电离、放电电离和电子束电离三种；抽气系统主要是一个机械泵，有的加上冷阱，以捕集溶剂。这种接口装置既除去溶剂，又同时使组分分子电离。
目前正在发展中的超临界流体色谱—质谱联用（SFC—MS）可能成为对难挥发、易分解物质进行联用分离分析最有前途的方法。